CFDI y conciliación
¿Cómo concilio la nómina timbrada contra lo pagado al IMSS y lo declarado de ISR?
La respuesta
Se cuadra por mes y por trabajador: el ISR retenido en los CFDI de nómina contra el enterado (artículo 96 de la LISR) y las percepciones integradas contra el salario base de la cédula del IMSS (artículos 27 y 39 de la LSS). La deducción de los salarios exige CFDI, retención y entero (artículo 27, fracción V, LISR).
Vigente al 11 de noviembre de 2026Verificado contra la biblioteca de Cumplida el 11 de noviembre de 2026
Qué se cuadra contra qué
| Dato de la nómina | Se cuadra contra | Plazo o regla | Fundamento |
|---|---|---|---|
| ISR retenido en los CFDI de nómina | Entero de retenciones por salarios del mes | Retenciones y enteros mensuales | LISR 96 |
| Fecha de pago de cada CFDI | Fecha en que se pagó la nómina | CFDI antes del pago o de 3 a 11 días hábiles después, según el número de trabajadores | LISR 99, fr. IIIRMF 2.7.5.1 |
| Percepciones exentas | Deducción de la nómina en el ISR de la empresa | No deducible el resultado de aplicarles el factor 0.53 o 0.47 | LISR 28, fr. XXX |
| Percepciones que integran salario | Salario base de cotización de cada trabajador | Se integra todo lo que se entrega por el trabajo, salvo las exclusiones registradas en contabilidad | LSS 27LSS 30, fr. II |
| Cambios de salario | Avisos de modificación al IMSS | 5 días hábiles si es fijo; primeros 5 días hábiles del bimestre si es variable | LSS 34 |
| Cuotas obrero patronales del mes | Cédula de determinación y pago | A más tardar el día 17 del mes siguiente | LSS 39 |
Los avisos de modificación de salario se cuentan en días hábiles porque así lo dispone el artículo 34 de la LSS; los días posteriores al pago, porque así lo dispone la regla 2.7.5.1.
Paso a paso
- Descargar del Portal del SAT los CFDI de nómina del periodo y agruparlos por mes de pago y por trabajador.
- Sumar el ISR retenido de esos CFDI y cotejarlo contra las retenciones por salarios enteradas en el mes.
- Cotejar las percepciones de cada CFDI contra la nómina contable, separando lo gravado de lo exento.
- Integrar el salario base con las percepciones que lo componen y compararlo con el de la cédula de determinación del SUA.
- Revisar que cada cambio de salario tenga su aviso al IMSS dentro del plazo.
- Dejar cada diferencia con su causa: CFDI cancelado o faltante, concepto mal clasificado o aviso omitido.
La conciliación de un mes
Errores frecuentes
- Cotejar por fecha de timbrado y no por fecha de pago: la regla 2.7.5.1 toma como fecha de expedición la del pago.
- Comparar el sueldo nominal con el salario base: éste integra prestaciones y sólo excluye lo que enumera el artículo 27 de la LSS.
- Deducir completas las percepciones exentas: el artículo 28, fracción XXX, de la LISR limita su deducción.
Fundamento
Ley del Impuesto sobre la Renta, artículo 96, primer párrafo
«Quienes hagan pagos por los conceptos a que se refiere este Capítulo están obligados a efectuar retenciones y enteros mensuales que tendrán el carácter de pagos provisionales a cuenta del impuesto anual.»
Vigente desde 1 de enero de 2014 · DOF 11 de diciembre de 2013 · leída el 11 de noviembre de 2026 · versión cmufmu98w00gntzney7mghtny
Ley del Impuesto sobre la Renta, artículo 99, fracción III
«Expedir y entregar comprobantes fiscales a las personas que reciban pagos por los conceptos a que se refiere este Capítulo, en la fecha en que se realice la erogación correspondiente»
Vigente desde 1 de enero de 2014 · DOF 11 de diciembre de 2013 · leída el 11 de noviembre de 2026 · versión cmufmubla00h5tznes70s18bl
Resolución Miscelánea Fiscal para 2026, regla 2.7.5.1, primer párrafo
«podrán expedir los CFDI por las remuneraciones que cubran a sus trabajadores o a contribuyentes asimilados a salarios, antes de la realización de los pagos correspondientes, o dentro del plazo señalado en función al número de sus trabajadores o asimilados a salarios, posteriores a la realización efectiva de dichos pagos [...] De 1 a 50 [...] 3 [...] Más de 500 [...] 11 [...] considerarán como fecha de expedición y entrega de tales comprobantes fiscales la fecha en que efectivamente se realizó el pago de dichas remuneraciones.»
Vigente desde 1 de enero de 2026 · hasta 31 de diciembre de 2026 · DOF 28 de diciembre de 2025 · leída el 11 de noviembre de 2026 · versión cmufofjvz0c76tznetahbq5hg
Ley del Impuesto sobre la Renta, artículo 27, fracción V, primer y segundo párrafos
«Cumplir con las obligaciones establecidas en esta Ley y las demás disposiciones fiscales en materia de retención y entero de impuestos a cargo de terceros o que, en su caso, se recabe de éstos copia de los documentos en que conste el pago de dichos impuestos. [...] Los pagos que a la vez sean ingresos en los términos del Capítulo I del Título IV, de esta Ley, se podrán deducir siempre que las erogaciones por concepto de remuneración, las retenciones correspondientes y las deducciones del impuesto local por salarios y, en general, por la prestación de un servicio personal independiente, consten en comprobantes fiscales emitidos en términos del Código Fiscal de la Federación y se cumpla con las obligaciones a que se refiere el artículo 99, fracciones I, II, III y V de la presente Ley, así como las disposiciones que, en su caso, regulen el subsidio para el empleo y los contribuyentes cumplan con la obligación de inscribir a los trabajadores en el Instituto Mexicano del Seguro Social cuando estén obligados a ello»
Vigente desde 1 de enero de 2022 · DOF 12 de noviembre de 2021 · leída el 11 de noviembre de 2026 · versión cmufmsdfh0059tznegthfmqnb
Ley del Impuesto sobre la Renta, artículo 28, fracción XXX
«Los pagos que a su vez sean ingresos exentos para el trabajador, hasta por la cantidad que resulte de aplicar el factor de 0.53 al monto de dichos pagos. El factor a que se refiere este párrafo será del 0.47 cuando las prestaciones otorgadas por los contribuyentes a favor de sus trabajadores que a su vez sean ingresos exentos para dichos trabajadores, en el ejercicio de que se trate, no disminuyan respecto de las otorgadas en el ejercicio fiscal inmediato anterior.»
Vigente desde 1 de enero de 2022 · DOF 12 de noviembre de 2021 · leída el 11 de noviembre de 2026 · versión cmufmseby005qtznem07vwman
Ley del Seguro Social, artículo 27, primer y penúltimo párrafos
«El salario base de cotización se integra con los pagos hechos en efectivo por cuota diaria, gratificaciones, percepciones, alimentación, habitación, primas, comisiones, prestaciones en especie y cualquiera otra cantidad o prestación que se entregue al trabajador por su trabajo. Se excluyen como integrantes del salario base de cotización, dada su naturaleza, los siguientes conceptos: [...] Para que los conceptos mencionados en este precepto se excluyan como integrantes del salario base de cotización, deberán estar debidamente registrados en la contabilidad del patrón.»
Vigente desde 17 de enero de 2009 · DOF 16 de enero de 2009 · leída el 11 de noviembre de 2026 · versión cmv23v53y0dcm8roabhvfyy3m
Ley del Seguro Social, artículo 34, fracciones I y II
«el patrón estará obligado a presentar al Instituto los avisos de modificación del salario diario base de cotización dentro de un plazo máximo de cinco días hábiles, contados a partir del día siguiente a la fecha en que cambie el salario; II. En los casos previstos en la fracción II del artículo 30, los patrones estarán obligados a comunicar al Instituto dentro de los primeros cinco días hábiles de los meses de enero, marzo, mayo, julio, septiembre y noviembre, las modificaciones del salario diario promedio obtenido en el bimestre anterior»
Vigente desde 21 de diciembre de 2001 · DOF 20 de diciembre de 2001 · leída el 11 de noviembre de 2026 · versión cmv23v57j0ddc8roatay9c48k
Ley del Seguro Social, artículo 39, primer párrafo
«Las cuotas obrero patronales se causan por mensualidades vencidas y el patrón está obligado a determinar sus importes en los formatos impresos o usando el programa informático, autorizado por el Instituto. Asimismo, el patrón deberá presentar ante el Instituto las cédulas de determinación de cuotas del mes de que se trate, y realizar el pago respectivo, a más tardar el día diecisiete del mes inmediato siguiente.»
Vigente desde 21 de diciembre de 2001 · DOF 20 de diciembre de 2001 · leída el 11 de noviembre de 2026 · versión cmv23v5a10ddr8roa4f2hdy2t
Ley del Seguro Social, artículo 30, fracción II
«Si por la naturaleza del trabajo, el salario se integra con elementos variables que no puedan ser previamente conocidos, se sumarán los ingresos totales percibidos durante los dos meses inmediatos anteriores y se dividirán entre el número de días de salario devengado en ese período.»
Vigente desde 21 de diciembre de 2001 · DOF 20 de diciembre de 2001 · leída el 11 de noviembre de 2026 · versión cmv23v55l0dcz8roauycg8gss
Ley del Seguro Social, artículo 39-C, primer y segundo párrafos
«En el caso en que el patrón o sujeto obligado no cubra oportunamente el importe de las cuotas obrero patronales o lo haga en forma incorrecta, el Instituto podrá determinarlas presuntivamente y fijarlas en cantidad líquida, con base en los datos con que cuente o con apoyo en los hechos que conozca con motivo del ejercicio de las facultades de comprobación de que goza como autoridad fiscal o bien a través de los expedientes o documentos proporcionados por otras autoridades fiscales. Esta determinación deberá considerar tanto los saldos a favor del Instituto como los que pudiera haber a favor del patrón debido a errores en lo presentado por este último. En la misma forma procederá el Instituto, en los casos en que al revisar las cédulas de determinación pagadas por los patrones, detecte errores u omisiones de los que se derive incumplimiento parcial en el pago de las cuotas.»
Vigente desde 21 de diciembre de 2001 · DOF 20 de diciembre de 2001 · leída el 11 de noviembre de 2026 · versión cmvunvu0l0crrbapdbt2qsjbq
Preguntas relacionadas
¿Cómo concilio los CFDI de nómina contra las retenciones de ISR declaradas?
Se suma por mes, según la fecha de pago, el ISR retenido de los CFDI de nómina y se compara con lo enterado ese mes (LISR 96; regla 2.7.5.1).
¿Qué fecha manda en un CFDI de nómina?
La de pago: la regla 2.7.5.1 la considera fecha de expedición y entrega aunque se timbre después, dentro de 3 a 11 días hábiles según el número de trabajadores.
¿Por qué no coincide el salario de los CFDI con el salario base de cotización?
Porque éste integra prestaciones y sólo excluye lo que enumera el artículo 27 de la LSS, registrado en contabilidad; lo variable se promedia con los dos meses anteriores (LSS 30).
¿Qué pide la ley para deducir la nómina?
Remuneraciones y retenciones en CFDI, las obligaciones del artículo 99, fracciones I, II, III y V, y los trabajadores inscritos en el IMSS cuando proceda (LISR 27, fracción V).
¿Cuándo se pagan las cuotas al IMSS?
Se causan por mensualidades vencidas y se pagan con la cédula de determinación a más tardar el día 17 del mes siguiente (LSS 39).
¿Qué pasa si el IMSS detecta diferencias en las cuotas pagadas?
Puede determinarlas y fijarlas en cantidad líquida en una cédula de liquidación, también al revisar las cédulas de determinación pagadas (LSS 39-C).
Con Cumplida
Se concilian los CFDI, las declaraciones, los acuses y los pagos de cada periodo contra lo que obra en poder del SAT, y cada diferencia queda en su cédula con el comprobante que la origina.
Tax auditCómo citar
Cumplida, «¿Cómo concilio la nómina timbrada contra lo pagado al IMSS y lo declarado de ISR?», cumplida.com/respuestas/nomina-y-retenciones, consultado el 11 de noviembre de 2026.
Información general a la fecha indicada. El criterio profesional para cada caso es del despacho.